As culturas em estufa são irrigadas aplicando-se água na superfície do substrato por meio de tubos ou fitas de gotejamento, manualmente com mangueira, por aspersores e barras de irrigação ou pela base do recipiente através da subirrigação, ou ainda por uma combinação desses sistemas. Os aspersores e a irrigação manual tendem a desperdiçar água e a molhar a folhagem, aumentando o risco de doenças e danos. Os sistemas de gotejamento e subirrigação são os mais eficientes e proporcionam maior controle sobre a quantidade de água aplicada. Além disso, como a folhagem não fica molhada, há um menor risco de doenças e danos.