تُروى محاصيل البيوت المحمية عن طريق سكب الماء على سطح التربة عبر أنابيب أو أشرطة التنقيط، أو يدويًا باستخدام خرطوم، أو باستخدام رشاشات علوية أو أذرع رش، أو عن طريق الري السفلي من أسفل الحاوية، أو باستخدام مزيج من هذه الأنظمة. يميل الري بالرشاشات العلوية والري اليدوي إلى هدر الماء، كما أنهما يُبللان أوراق النباتات، مما يزيد من احتمالية إصابتها بالأمراض والتلف. تُعد أنظمة التنقيط والري السفلي الأكثر كفاءة، وتوفر تحكمًا أكبر في كمية الماء المستخدمة. كما أن عدم تبلل أوراق النباتات يقلل من احتمالية إصابتها بالأمراض والتلف.