ग्रीनहाउस में उगाई जाने वाली फसलों की सिंचाई ड्रिप ट्यूब या टेप के माध्यम से मिट्टी की सतह पर पानी डालकर, हाथ से होज़ से पानी देकर, ओवरहेड स्प्रिंकलर और बूम का उपयोग करके, या सबइरिगेशन द्वारा कंटेनर के निचले हिस्से से पानी डालकर, या इन सभी प्रणालियों के संयोजन का उपयोग करके की जाती है। ओवरहेड स्प्रिंकलर और हाथ से पानी देने में पानी की बर्बादी होती है और पत्तियां भी गीली हो जाती हैं, जिससे बीमारियों और क्षति की संभावना बढ़ जाती है। ड्रिप और सबइरिगेशन प्रणालियां सबसे कुशल हैं और पानी की मात्रा पर बेहतर नियंत्रण प्रदान करती हैं। साथ ही, पत्तियों के गीले न होने के कारण बीमारियों और क्षति की संभावना कम हो जाती है।