গ্রিনহাউসের ফসলে সেচ দেওয়া হয় ড্রিপ টিউব বা টেপের মাধ্যমে মিডিয়ার উপরিভাগে জল প্রয়োগ করে, হাতে হোস পাইপ ব্যবহার করে, ওভারহেড স্প্রিংকলার ও বুমের সাহায্যে, অথবা সাবইরিগেশন পদ্ধতিতে পাত্রের নিচ দিয়ে জল প্রয়োগ করে, কিংবা এই সরবরাহ ব্যবস্থাগুলোর সংমিশ্রণ ব্যবহার করে। ওভারহেড স্প্রিংকলার এবং হাতে জল দেওয়ার ক্ষেত্রে জল "অপচয়" হওয়ার প্রবণতা থাকে এবং গাছের পাতাও ভিজে যায়, যা রোগ ও ক্ষতির ঝুঁকি বাড়িয়ে দেয়। ড্রিপ এবং সাবইরিগেশন পদ্ধতি সবচেয়ে কার্যকর এবং প্রয়োগকৃত জলের পরিমাণের উপর অধিকতর নিয়ন্ত্রণ প্রদান করে। এছাড়াও, যেহেতু গাছের পাতা ভেজে না, তাই রোগ ও ক্ষতির ঝুঁকিও কমে যায়।