Sistem pengudaraan rumah hijau memainkan peranan penting dalam kesihatan tumbuhan dan pengeluaran tanaman. Ramai pakar hortikultur baru tidak mengaitkan pertumbuhan yang perlahan, hasil yang rendah, atau masalah dengan patogen dengan sistem pengudaraan rumah hijau yang tidak mencukupi. Kebanyakan tukang kebun memahami kepentingan sistem pengudaraan untuk kawalan suhu tetapi faedah yang diperoleh daripada sistem pengudaraan adalah pelbagai aspek. Sistem pengudaraan bukan sahaja penting untuk mengekalkan keadaan persekitaran tetapi ia juga secara langsung mempengaruhi keupayaan tumbuhan untuk melakukan fotosintesis, penyerapan unsur penting, dan melengkapkan kitaran pembiakan (pendebungaan). Sistem pengudaraan rumah hijau berfungsi dengan empat fungsi penting: kawalan suhu, kawalan kelembapan, penggantian CO2/oksigen, dan peredaran udara.